Ce qui nous gêne, ce sont les propriétés du menu classique du blog, toujours présentes.
Pas d'autre solution (à ma connaissance) que de renommer le menu "classique" du blog #nav en ce que vous voulez, par ex. #nav1.
Pour cela, il faut renommer, dans la feuille de styles, tout ce qui commence par #nav (sauf ce qui commence par #nav-box) en #nav1 par exemple.
Attention donc si vous faites une modification automatique avec un éditeur de textes, pensez ensuite à renommer ce qui commence par #nav1-box en #nav-box.
Il nous reste à supprimer l'affichage de la bannière classique, de l'ancien menu et à reporter une propriété du menu définie par la feuille de base de Cowblog en ajoutant, à la fin de la feuille de styles :
#top { display:none; }
#nav { display:none; }
#nav1 { overflow:hidden; }
Il faut également adapter le code html libre (nav en nav1 et nav-content en nav1-content) :
</div></div></div></div></div>
on insère le bloc "code html libre" en première position
<div id="main"><div id="nav1"><div id="nav1-content"><div><div>
Résultat :

On a maintenant retrouvé notre menu classique et la ligne qui va nous servir à définir notre entête.
Afin de pouvoir la personnaliser dans la feuille de styles, on va lui attribuer un identifiant, par exemple 'entete' :
</div></div></div></div></div>
<div id="entete">
on insère le bloc "code html libre" en première position
</div>
<div id="main"><div id="nav1"><div id="nav1-content"><div><div>
Libre à vous maintenant, de personnaliser cet entête.